书中交代，黄药师出身举人，后改文学武，是一个聪明绝顶的人。上通天文，下通地理，五行八卦、奇门遁甲、琴棋书画，甚至农田水利、经济兵略等亦无一不晓，无一不精。r但又个性离经叛道，狂傲不羁。性情孤僻，行动怪异，身形飘忽，有如鬼魅。黄药师漠视“传统礼教”，个性行事潇洒。而周伯通是五绝之中第一高手王重阳的师弟，天真烂漫，一心只爱习武，也是一个武学奇才。他们之间的交集主要是周伯通在负责师兄守护《九阴真经》的遗命转移途中，被黄药师和新婚妻子骗取了《九阴真经》下册，并被关押在黄花岛十五年。

要说他们之间有什么微妙关系的话，首先要看他们之间的性格特点，他们之间第一就是天生好武之人，这点五绝之间，除了王重阳和冯七公有以天下为使命的精神外，周伯通、段智兴、黄药师和欧阳锋都是差不多的。第二是天生情痴。而黄药师尤为明显。第三都是离经叛道的人，黄药师反传统礼教，周伯通更是怪诞，和郭靖结拜兄弟、和杨过、小龙女也玩得不亦说乎可见一斑。所以，他们之间要有点微妙关系也不是不可能的。首先是经书的保存的问题，因为有欧阳锋一直在觊觎，王重阳曾采取假死毁去了他的一些功力，但是这只不过是给周伯通赢得转移的时间。本来王重阳师兄弟可能是想把经书交段皇爷的，所以王重阳传了他一阳指，但是出了周伯通和瑛姑的故事，双方有点尴尬。而冯七公虽然和欧阳锋功力相若，但是他精明不及欧阳锋的，后来冯七公被欧阳锋算计也间接证实了王重阳的考虑。那么算来算去，就只有一个亦正亦邪的黄药师可以不怕欧阳锋了，他虽然没有段皇爷宫殿那样戒备森严，但也他的奇门遁甲之术，足可安全。鉴于黄药师的性格偏激，怕武功高了以后尾大不掉，所以，他们才设计把没有武功秘籍的下集让他骗去。因此，黄药师骗书关人，实际上也是保护了周伯通。因为按照黄药师的赌局，周伯通必须赢了黄药师才能出岛，当然，如果能赢了黄药师，也就意味着周伯通至少不怕欧阳锋了，这么说来，他们的微妙关系，就是以一个《九阴真经》下集给黄药师交了保护费，换得周伯通和《九阴真经》上武学的安全。

当然，黄药师不会不择手段的夺取经书的品德王重阳没有算错，但是周伯通如果不遇到郭靖的点醒，要战胜黄药师出关也没有那么容易，这个就不是重阳真人可以算得了的啦。

其他网友观点

周伯通与黄药师之间的关系其实挺复杂的。

首先，周伯通是全真教王重阳的师弟，王重阳一生收了七个徒弟，称为全真七子。

全真七子中的首座叫丹阳子马钰，郭靖曾有幸得马钰传授全真教内功，因此马钰算的上是郭靖的师傅。那周伯通也就成了郭靖的师叔了。

可是，在桃花岛的时候，周伯通曾经与郭靖结拜为兄弟，因此周伯通既是郭靖师叔，又是郭靖大哥。

而郭靖又与黄药师的女儿黄蓉是夫妻，也就是说，黄药师成了郭靖的岳父。

那么，周伯通跟黄药师是什么关系呢？显然黄药师是周伯通的伯父啊，因为结拜兄弟的岳父，一般都称为伯父或叔叔。

此外，黄药师曾经与杨过结为兄弟，而杨过又曾拜在全真弟子赵志敬门下修习。这赵志敬是全真七子之一的丘处机的弟子，丘处机则是周伯通的师侄。那么周伯通岂不是成了杨过的祖师爷了吗？

而黄药师与杨过是结拜兄弟，换句话说，黄药师得叫一声周伯通“祖师爷爷”。

到这里还不算完，我们都知道，杨过是杨康的儿子，杨康又与郭靖是结拜兄弟，意思就是说郭靖是杨过的伯父。而黄药师又是郭靖的岳父，那么杨过是不是应该称呼黄药师为外公呢？

考虑到周伯通曾经为了学到杨过的黯然销魂掌而想与之结拜，以及周伯通传授小龙女左右互搏术时也曾有过结拜的意图。那么，杨过叫周伯通一声大哥也不为过把？

如此一来的话，黄药师是不是也得称呼周伯通一声大哥呢？

所以，我们总结一下，周伯通与黄药师的关系一共有三种可能：

第一种，黄药师是周伯通的伯父。

第二种，周伯通是黄药师的“祖师爷爷”。

第三种，周伯通是黄药师的大哥。

其他网友观点

八竿子打不着的关系，周伯通是黄蓉的师叔，黄老邪是黄蓉的爹。